Les organes du RCBIF-Burundi sont constitués par l’Assemblée Générale, le Conseil d’administration et le Secrétariat Exécutif. Pour le moment, le Réseau est présidé par Mgr Blaise NZEYIMANA (Evêque catholique) et son Vice Président est Mgr Eraste BIGIRIMANA (Evêque Anglican). Le président du Conseil d’administration représente légalement le Réseau et préside toutes les réunions de l’Assemblée Générale et toutes les réunions du Conseil d’Administration.

 Des structures décentralisées ont été mises en place jusqu’au niveau collinaire (les comités Ndemeshabuzima provinciaux et zonaux) pour orienter, exécuter et assurer le suivi des activités du secrétariat du RCBIF. Ils entretiennent ainsi des relations directes avec le secrétariat du RCBIF mais aussi avec les représentants légaux des Eglises au niveau des différentes entités administratives. Pour garantir les bonnes relations avec les structures gouvernementales, la composition des membres des comités zonaux est telle qu’il y a un représentant de l’administration locale. Ces mêmes comités doivent avoir des relations fines avec les fidèles, les partenaires en santé, en bien être intégral des familles et en développement communautaire.